COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 5.066768
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 5.081384
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 5.070994
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 5.193325
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.270908
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.329605
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.424207

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 3.448276 0.972290 3.748008
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 3.957038
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 3.977916
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.454898 4.102902
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 4.275159
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 4.420036
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 4.614503

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.881057 7.587192
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 8.326862
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 8.807629
2021-05-31 17:00:00 8.219178 1.630435 9.361600
2021-05-30 17:00:00 7.949791 7.949791 9.814954
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 10.405744
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 10.950965

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 5.912582
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 5.916861
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.756320
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.559680
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.542922
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.528782
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.661662

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 5.112570 3.014172 4.732569
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 4.823797
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 4.910807
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.868683 4.962673
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.096866
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.186700
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.299524

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 24.116424 24.116424 11.122353
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 10.936687
2021-06-01 17:00:00 5.535437 5.535437 10.666331
2021-05-31 17:00:00 18.359375 18.359375 11.096027
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 11.258801
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 11.296570
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 11.728626

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 1.207243 0.457317 1.628462
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 1.686219
2021-06-01 17:00:00 1.408451 1.408451 1.760085
2021-05-31 17:00:00 1.709402 0.593032 1.835557
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 1.897125
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.223816 1.966199
2021-05-28 17:00:00 1.474719 1.474719 2.053046

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.367554
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.313703
2021-06-01 17:00:00 2.136518 2.136518 3.249800
2021-05-31 17:00:00 6.432599 6.432599 3.307334
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.343661
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.333567
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 3.348740

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.613604
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 2.715136
2021-06-01 17:00:00 1.314879 1.314879 2.731082
2021-05-31 17:00:00 4.071970 4.071970 2.785733
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 2.830297
2021-05-29 17:00:00 3.687050 2.203237 2.888075
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 2.939149

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.146621 3.397964
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.554151
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.666835
2021-05-31 17:00:00 2.346250 1.072647 3.660882
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 3.801624
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 3.948832
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 4.107346

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.315581 5.629552
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.801300
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 5.890427
2021-05-31 17:00:00 11.086475 11.086475 5.842788
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 5.876213
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 5.983265
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.224674

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 1.150581
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.207268
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.159830
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.141157
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.133037
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.109639
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.142345

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 5.372474
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.694821
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.810180
2021-05-31 17:00:00 3.666667 3.666667 5.959375
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 6.205897
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 6.238543
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 6.417752

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 7.539683 2.564103 3.516091
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.633113
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.679443
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.404494 3.673200
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 3.864913
2021-05-29 17:00:00 3.269755 3.269755 3.863323
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 3.911617

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 8.308042 4.416213 4.174284
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.335805
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.460669
2021-05-31 17:00:00 5.287453 2.562017 4.406007
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 4.546789
2021-05-29 17:00:00 2.903917 2.903917 4.724716
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 4.943519

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 11.289193
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 11.344936
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 11.633266
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 11.718921
2021-05-30 17:00:00 19.230769 19.230769 12.212907
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 12.699756
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 13.135956

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 4.634831 1.890034 1.940735
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 1.934426
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 1.909140
2021-05-31 17:00:00 2.253521 2.253521 1.916518
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 1.891296
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 1.865203
2021-05-28 17:00:00 2.666667 1.615385 1.888626

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.757672
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.648298
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.565660
2021-05-31 17:00:00 6.510220 9.386828 6.594040
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.149883 6.632587
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.583499
2021-05-28 17:00:00 6.206385 6.206385 6.521120

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 5.090312 5.090312 3.514519
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.572027
2021-06-01 17:00:00 3.112155 3.112155 3.585023
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.427345 3.619589
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 3.754509
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 3.856994
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 3.988804

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.009251 4.563482
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 4.728722
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 5.023339
2021-05-31 17:00:00 3.636364 0.995025 5.012614
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 5.172706
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 5.319491
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 5.497796

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 8.966336
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 8.995524
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 9.393117
2021-05-31 17:00:00 38.461538 38.461538 9.131936
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 9.090531
2021-05-29 17:00:00 12.865497 12.865497 9.324857
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 9.334509

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 6.248942
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 6.601776
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 6.717842
2021-05-31 17:00:00 4.803843 4.803843 6.991338
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.158366
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 7.379337
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 7.667764

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.448276 0.972290 3.748008
Basilicata 4.225352 0.881057 7.587192
Calabria 11.529933 11.529933 5.912582
Campania 5.112570 3.014172 4.732569
Emilia-Romagna 24.116424 24.116424 11.122353
Friuli Venezia Giulia 1.207243 0.457317 1.628462
Lazio 3.680751 3.680751 3.367554
Liguria 2.164502 2.164502 2.613604
Lombardia 3.969619 2.146621 3.397964
Marche 8.333333 2.315581 5.629552
Molise 1.694915 1.694915 1.150581
P.A. Bolzano 7.909605 7.909605 5.372474
P.A. Trento 7.539683 2.564103 3.516091
Piemonte 8.308042 4.416213 4.174284
Puglia 3.528468 3.528468 11.289193
Sardegna 4.634831 1.890034 1.940735
Sicilia 6.150121 6.150121 6.757672
Toscana 5.090312 5.090312 3.514519
Umbria 7.792208 1.009251 4.563482
Valle d'Aosta 3.571429 3.571429 8.966336
Veneto 4.941176 4.941176 6.248942

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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